Estudos recentes apontam para o desenvolvimento da antiga sociedade e cultura de Kerala, datando desde a Era Paleolítica. Grande parte do Kerala pode ter estado submersa antes disso.
A sociedade estava prosperando independentemente e diz-se que fez contato com a Civilização do Vale do Indo no final da Idade do Bronze ou no início da Idade do Ferro.
Textos antigos de civilizações que florescem ao redor do mundo mencionam o reino de Kerala tão antigo quanto 3000 a.C. Muitos estudiosos concordam que Kerala recebeu seu nome da dinastia mais dominante do estado chamada Os Cheras, que detinha o controle da maioria dos atuais Kerala desde 400 a.C. até o século XII d.C.
A região estava em constante contato com o mundo exterior, e a cultura aqui era diversificada e próspera. Os judeus são conhecidos por terem feito contato com Kerala já em 573 a.C., os árabes por volta do século IV a.C.; além deles, os Cheras tinham se ligado ao Egito, à China, ao Império Romano e à Ásia Ocidental.
Lutas constantes pelo poder entre os Cheras e os outros grandes reinos do sul resultaram no declínio dos comerciantes estrangeiros no porto no século XI d.C. A segunda Dinastia Chera foi subjugada pelas forças combinadas dos reinos Pandyas e Chola. Ravi Varma Kulasekhara foi o último grande rei Chera, após cuja morte no início do século XIV, o reino foi dividido em trinta pequenos principados em guerra.
O mais poderoso deles foi o Zamorin de Kozhikode, que estava constantemente em uma batalha de poder com o recém florescente reino de Cochim que estava se tornando um grande porto após a inundação do rio Periyar na região de Cochim dois séculos atrás, que depositava sedimentos e tornava mais seguro para os barcos e navios âncora.
Até o século XV, a maior parte do comércio de especiarias era dominada pelos comerciantes árabes que tinham o patrocínio dos Zamorins, mas isso logo mudaria após a chegada de Vasco Da Gama em Kozhikode, em 1498.
Os portugueses montaram um forte e uma fábrica após relações comerciais bem sucedidas com Kozhikode. Eles queriam obter total controle dos comerciantes árabes, mas os zamorins não foram influenciados pelos portugueses. Naturalmente, os portugueses aproveitaram a oportunidade da rivalidade entre os Samorim e o reino de Cochim e fizeram alianças com Cochim e mudaram sua base de operações para Cochim,onde construíram fortalezas para fortalecer seu domínio. Ainda assim, aqui eles estavam sob constante ataque das forças Zamorin e foram derrotados em 1571 na batalha no Forte de Chaliyam.
Durante esse período, a Companhia Holandesa das Índias Orientais conquistou o controle do comércio de especiarias dos portugueses, mas sempre esteve em batalhas com a Família Real Travancore.
No século XVIII, a maior parte do tempo Kerala foi anexado a Cochim pelo então Rei Travancore Sree Anizham Thirunal Varma.
No início do século XIX, a Companhia Britânica das Índias Orientais tinha o controle sobre Kerala diretamente ou sob suserania, tomando grande parte do norte através de Sultão Tipu ou forjando alianças com Kochi em 1791 e Travancore em 1795, e assim permaneceu até a Índia ganhar a Independência.
O estado de Kerala foi formado em 1º de novembro de 1956.